基于这一情形，刘秀在赤眉军攻入长安的同时，没有立即同赤眉军发生大规模的正面冲突，而是立即发布诏书，封刘玄为淮阳王，并声称：吏人敢有贼害者，罪同大逆。

这样，刘秀便将原来倾向于刘玄更始政权的地主豪强势力，争取到自己一边来了，也为赤眉军进入长安后制造了重重困难。

果然，长安周围的地主武装都对赤眉军的建世政权采取不合作态度，往往聚为营保，各坚守不下，甚至图谋劫出更始皇帝刘玄。

另一方面，刘秀还派邓禹率领二万精兵尾随赤眉军入河东郡，伺机入关。

刘秀在完成了这些工作之后，便集中主要力量用来在长安以东构筑防线。

刘秀派吴汉等人率军扫平了河北地区檀乡、五校、青犊、富平、获索等农民军;

同时，遣岑彭、景丹等人向洛阳以南的河南、荆州地区推进，更始政权任命的淮阳太守暴汜、宛王刘赐、邓王王常等纷纷投降，豫西地区的众多小股农民武装也先后被削平。

这样，在赤眉军据有长安的一段时间内，刘秀已完成占领从河北地区经洛阳向南到河南、荆州地区以及豫西地区一线的重大战略部署。

加上原来已派邓禹占领河东，不但堵住了赤眉军东归的道路，而且形成了对长安的大半个包围圈。

此时，赤眉军在长安城中并没有充分利用占领首都的优势，稳定秩序，继续扩大战果，而是贪恋京师，论功行赏不休。

纪律也松弛下来，甚至发展到烧宫室市里，宗庙园陵皆发掘。

由于赤眉军百万之众固守几经战乱的长安孤城，仅四个月后，建世政权便陷入了军粮严重匮乏的地步。

为筹集粮草，赤眉军放弃长安，引兵向西，取道南山、鄠县，转向西北的安定、北地一带。

在那里，赤眉军虽然打败了更始将军严春，终因天寒地冻，加之遇到陇西豪强隗嚣的阻击，战斗力大为削弱，只好返回长安。

此时，三辅地区经过连年战乱，已是城郭皆空，白骨蔽野了。

建武二年，只剩下二十余万人的赤眉军只好离开长安，出华阴，准备向东方转移。

建武三年闰正月，赤眉军行至渑池崤底时，遭刘秀部将冯异伏击，大败而逃。

接着，赤眉军南下宜阳，陷入刘秀设下的包围圈中。

饥寒交迫的赤眉军卒突遇伏兵，又逢大雨，措手不及，被刘秀全歼。

三月，刘秀军占领长安。

赤眉建政权二年十二月，赤眉军离开长安东归，建武三年正月，刘秀与赤眉军交战于崤山地区，赤眉军被刘秀军击败。

当赤眉西进，离开长安后，长安城已成无重兵驻守的状态，这时刘秀集团的邓禹军乘机由上郡等地南下，轻而易举地占据了长安。

当邓禹军未进占长安之前，刘秀即命令邓禹要伺机进占长安，镇慰西京，维系百姓之心。

但邓禹自觉力量远非赤眉军的对手，故一直迟迟不敢向长安进犯，仍在上郡一带地区征集兵马，屯聚粮草，等待时机。

赤眉大军一从长安撤出西走，邓禹进占长安的计划，才得以实现。

邓禹军进占长安后，也发生了一系列的失策行为。

他不在政治上改进治理长安的措施，没有在军事上加强保卫长安的部署，没有注意对长安及其附近地区更始政权旧部招抚收容，壮大自己的实力。

而是忙于晋谒汉高祖刘邦的神庙，收汉代十一帝神主，派兵送往洛阳，巡行陵园等封建礼仪琐事。

从而，使他失去了巩固长安的可贵时机，客观上为赤眉大军重返长安，减少了阻力。

当邓禹得知赤眉军东返的消息后，邓禹即派兵前去迎击，企图阻止赤眉军重返长安。

赤眉军于郁夷击败了邓禹军，邓禹慌忙退出长安，入据云阳，赤眉军遂又胜利地进占长安。

赤眉军由今甘肃、宁夏等地返回长安，势力已较前大减，及至杜陵一战，10万精兵被歼，又极大地削弱了起义军的力量。

这时三辅地区正遇上大饥荒。

各地的豪强地主，聚众以为营垒，坚壁清野，以断绝长安的粮食供应，来困扰赤眉军。

赤眉军无计可施，只得第二次被迫做出撤离长安的决定，东归关东地区。

于是，赤眉军于建武二年，汉光武帝刘秀二年十二月，共20多万大军离开京师，向东进发。

刘秀集团在平定河北和河东、河西、河内等地区的同时，对赤眉军的发展动向就极为重视，把自己的战略重点转向对付赤眉起义军，时时注意寻找时战，消灭这支唯一可以与刘秀争夺天下的武装力量。

刘秀当初派邓禹执行进兵关中，伺机夺取长安的战略行动，由于邓禹军与赤眉军两次作战，两次大败，而没有实现。

故刘秀不得不于建武二年十一月召回邓禹，以将军冯异代替邓禹执行抢占关中，消灭赤眉的任务。

刘秀对冯异进占关中对抗赤眉军的基本策略和战略作了详细交待。

刘秀告诉冯异说:“三辅地区，遭受了王莽更始之乱，又受到赤眉延岑战乱的祸害，百姓的生命财产遭到严重的损失，无人给他们以任何保障，派你去征讨各种叛逆势力，对归附降顺者，把首领集中到长安去，对于他们的部众士卒，则遣送回乡，从事农业生产，并且要毁掉现有营垒，以免他们又聚众割据。“

同时还告诉冯异，征伐各种势力，不在于略地屠城，主要在于平定他们的势力，妥善地安抚他们。

刘秀判明了赤眉军东归的情况后，为更顺利地镇压赤眉军，即对邓禹说:“不要与穷寇争锋拼命，赤眉已日渐处于绝境，他们没有粮食，肯定要向东方来，我以饱待饥，以逸待劳，很容易消灭他们，你千万不要轻率与其交战。“

刘秀为了集中力量对付赤眉军，在其进占洛阳后，针对赤眉军东进，采取了以下部署:破奸将军侯进率军进驻新安地区;

建威将军耿弁率军进驻宜阳地区;大司马吴汉统率的大军集结于洛阳附近地区。

这样，刘秀集团对赤眉军的东归，便形成了一个南北待击，中间控制强大机动兵团的极为有利的战略态势。

刘秀集团参加崤底战役的总兵力，无确切根据可查。

但依据其各部分的实力推算，大致可以得出上述概略数字:邓禹所部，初入关中为2万人，后来虽有较大发展，但几次战败，损失了一些部队，渡过黄河后大概最多也只能拥有三五万人;

冯异指挥的魏郡、河内、河南等郡兵马，估计也在4万人左右;

东路军及其洛阳地区的机动力量，大致约在25万左右。

赤眉起义军的御史大夫樊崇，丞相徐宣等认为，刘秀集团正忙于建都洛阳，派兵向周围扩张势力，在中原地区脚跟尚未站稳。

所以，赤眉回军关东遇到的敌对力量很可能不会太大。

故作出了以下东归作战策划:放弃攻击渭北的邓禹军;

不再攻击延岑的部队。

准备打击冯异的西路军;出函谷关后，仍按入关的路线东进，然后往东南方向发展。

刘秀集团根据赤眉军原先的入关进军路线分析，认为赤眉东归也有可能仍经过颍洛之间。

于是预先在洛阳、宜阳、新安等地布设了重兵，准备在颍洛地区将赤眉军这股威胁刘秀称帝最强劲的敌人彻底歼灭。

刘秀集团策划:如果赤眉军走西路，即经过灵宝、新安、洛阳之线，则宜阳的建威大将军耿弁率军驰往新安，与新安驻防军破奸将军侯进部共同攻击赤眉军;

如果赤眉军走南路，即经过弘农郡、走宜阳，则侯进率新安驻军驰往宜阳，与宜阳的耿弁军共同击灭赤眉军;

位于洛阳的重兵集团由吴汉、朱祜、杜茂、贾复、坚镡、王霸等统率的六军，和由骑都尉刘隆、马武、阴识等率领的边境突骑部队，准备向两个方向机动支援。

赤眉起义军于湖城作战胜利后，没有注意招降和收编冯异、邓禹的部队，给了敌人重新收拢集结的机会。

同时也没有注意休整自己的部队，备足下次作战的粮食。

作战60多天后，拉着饥饿疲惫的队伍，急急向东方开进，只想早日返回东方，忽略了对前方可能出现的敌人数量及自己的战略策略的研究。

这就使赤眉起义军，在缺乏政治上、思想上、军事上任何准备的情况下，仓促进入了预想不到的崤底交战。

汉光武建武三年、赤眉军刘盆子建世三年闰正月，冯异已完成崤底战役的一切准备工作，他命令一部分部队穿上赤眉军的服装，预先埋伏于有利地势，然后派出部队去如期向赤眉军挑战。

赤眉军樊崇等于拂晓派出1万余精兵，首先与冯异的先头部队交战，双方展开激烈战斗。

冯异军佯装抵挡不住，这时冯异却只派出很少量的部队前来支援，造成了赤眉军误认为冯异兵少势弱的错觉。

于是，起义军即出动主力部队，全力向冯异军猛攻。

冯异军见赤眉军主力投入作战，也随即将自己的主力展开，迎击赤眉大军。

双方都有一些不同程度的伤亡，战斗持续到午后，赤眉军的攻势逐渐减弱，冯异看到时机成熟，遂命令埋伏部队出击。

这些伏兵由于穿着与赤眉军相同的服装，而且又来势汹涌，使赤眉军分不清敌我，阵势立即大乱，纷纷向崤底撤退。

冯异随即挥军向崤底进击，逐渐压缩包围圈，将赤眉军男女8万余人于崤底击破俘获，这是赤眉军自杜陵战役以后，第2次最大的失利，遂使崤底战役成为赤眉军彻底失败的前奏。

赤眉起义军遭此严重失败，还剩10余万兵力，在樊崇等统率下，急忙向东南方疾走。

汉光武帝刘秀得知冯异大败赤眉军，十分欣喜，并立即调动重兵堵截围歼赤眉军剩余部队。

当刘秀得知赤眉军向东南疾走宜阳的情况后，立即亲率汉军主力大军，也向宜阳疾进。

到达宜阳后，确定了以下的作战部署:前军由大司马吴汉统率，全部为刘秀集团的精锐之师;

左军是刘秀集团的骁骑部队，由骑都尉刘隆、马武、阴识指挥;右军由大将军朱佑，扬化将军坚镡，偏将军王霸等统率;

中军这是由刘秀直接控制的机动部队，包括建威大将军耿弇、骠骑大将军杜茂、执金吾左将军贾复等部。

刘秀集团将兵力部署妥当之后，即严阵以待，等候赤眉军的到达。

赤眉起义军在崤底失败后，正向宜阳疾走，突然在前进的路上与刘秀的大军相遇。

这时粮尽力竭的起义军，自感没有可能突破刘秀以重兵布成的阵势，如勉强进行战斗，肯定会遭到无谓的伤亡，于是决定向刘秀投降，遂导致了赤眉农民起义军最后的惨败。

当时樊崇等派出式侯刘恭为代表，前去刘秀营内谈判投降事宜。

刘恭见了刘秀说:“刘盆子带领百万之众向陛下投降，陛下如何对待他们?“

刘秀回答说:“可以免除他们的死罪。“

于是樊崇与刘盆子及丞相徐宣以下30多大臣将军便开始投降，将汉代的传国玺绶、更始的七尺宝剑等交给了刘秀。